Arrêts de travail : les nouvelles règles dès le 1er septembre 2026 pour mieux anticiper et protéger votre emploi.

À partir du 1er septembre 2026, la gestion des arrêts maladie en France connaît un tournant. Pour la première fois, la loi fixe une durée maximale légale pour les prescriptions d’arrêt de travail : un mois pour un premier arrêt, deux mois pour un renouvellement. Les médecins, dentistes et sages-femmes devront également inscrire le motif de l’arrêt sur l’ordonnance, une information jusqu’ici facultative. Ces mesures, introduites par la LFSS 2026, visent à encadrer une dépense d’indemnités journalières qui atteint 17,9 milliards d’euros en 2025, soit 7 milliards de plus qu’en 2016. Pour les employeurs et les salariés, cela signifie une organisation à revoir, mais pas de révolution sur le fond : le droit à l’arrêt reste intact, pourvu qu’il soit médicalement justifié.

Premier arrêt limité à un mois : la règle et ses exceptions

Jusqu’au 31 août 2026, aucun texte n’imposait de durée plafond à un premier arrêt de travail. Un médecin pouvait prescrire trois, six mois ou plus, sans contrainte légale. À partir du 1er septembre, la prescription initiale est limitée à 30 jours maximum. Cette règle concerne tous les professionnels habilités : médecins généralistes, spécialistes, dentistes et sages-femmes.

Le médecin peut toutefois déroger à ce plafond si l’état de santé du patient le justifie. Les conditions précises de ces dérogations seront fixées par décret, attendu avant l’entrée en vigueur. Concrètement, un patient atteint d’une pathologie grave ou d’une affection longue durée (ALD) pourra toujours obtenir un arrêt plus long, à condition que le prescripteur motive sa décision. Le droit à l’arrêt n’est pas remis en cause, mais la charge de la preuve médicale devient plus explicite.

Renouvellement : deux mois maximum, avec un contrôle renforcé

Pour les prolongations d’arrêt, la durée maximale est portée à deux mois. Chaque renouvellement doit être justifié médicalement. Si un salarié est en arrêt depuis plusieurs mois et que son médecin souhaite prescrire un renouvellement de plus de trois mois, il devra solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance maladie. Ce n’est pas un refus automatique, mais un filtre supplémentaire pour les arrêts très longs.

Attention : tout renouvellement prescrit après le 1er septembre 2026 est soumis aux nouvelles règles, même si l’arrêt initial date d’avant cette date. Un salarié en arrêt depuis août 2026 verra donc sa prolongation de septembre limitée à deux mois, sauf dérogation médicale.

Motif obligatoire sur la prescription

Jusqu’ici, le motif de l’arrêt (maladie, accident, pathologie spécifique) n’était pas systématiquement mentionné. À compter du 1er septembre, il devient obligatoire. L’Assurance maladie utilise ces informations pour cibler ses contrôles. Pour le salarié, cela ne change rien dans le rapport avec son employeur : ce dernier ne reçoit pas le motif, seulement la durée et les dates. La confidentialité médicale reste protégée.

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Ce qui ne change pas : les repères qui restent stables

Plusieurs éléments demeurent inchangés au 1er septembre 2026 :

• Délai de carence : toujours trois jours, avec versement des indemnités journalières (IJ) à partir du 4e jour.
• Montant maximum des IJ : 41,95 euros brut par jour pour les arrêts prescrits à compter de février 2026, calculé sur un plafond mensuel de 2 552,24 euros (1,4 SMIC).
• Maintien de salaire par l’employeur : selon l’ancienneté et les accords collectifs, les règles ne bougent pas.
• Acquisition des congés payés : depuis avril 2024, les salariés en arrêt maladie continuent d’accumuler des congés, y compris pour les arrêts non professionnels.

L’écart entre le salaire réel et les IJ plafonnées à 41,95 euros par jour reste significatif, surtout pour les cadres. C’est le moment de revoir la couverture prévoyance de vos salariés.

Impact sur la paie et la gestion RH : trois points de vigilance

Une charge administrative qui augmente

Des arrêts initiaux limités à 30 jours, c’est mécaniquement plus de renouvellements à suivre. Pour le service paie, cela signifie davantage de prescriptions à réceptionner, vérifier et intégrer. Sans un process rodé, le risque est de créer des trous dans la paie : un salarié dont la prolongation n’arrive pas à temps peut se retrouver sans IJ ni maintien de salaire. Anticipez les échéances et assurez-vous que vos procédures de transmission des attestations de salaire sont fluides.

Un suivi médical plus fréquent, une opportunité pour le retour à l’emploi

Des consultations médicales plus rapprochées offrent plus de points de contact pour activer des dispositifs comme la visite de pré-reprise ou le temps partiel thérapeutique. Le rôle des RH dans la coordination avec le médecin du travail prend de l’importance. Un salarié qui voit son médecin tous les mois peut être orienté plus tôt vers une reprise progressive, ce qui réduit les arrêts longue durée.

La subrogation et le maintien de salaire sous tension

Avec des IJ plafonnées, l’écart avec le salaire réel est important, notamment pour les rémunérations supérieures à 2 552 euros brut par mois. Vérifiez que vos procédures de subrogation (l’employeur perçoit les IJ et verse le salaire) sont bien paramétrées. Un défaut de calcul peut entraîner un trop-perçu ou un manque à gagner pour le salarié. Profitez-en pour informer vos équipes : les dérogations médicales restent possibles, et leur droit à l’arrêt n’est pas remis en cause. Une communication claire évite les inquiétudes inutiles.

Les pièges à anticiper avant septembre 2026

1. Confondre durée limitée et arrêt refusé. Les exceptions médicales existent. Un salarié en ALD ou avec une pathologie lourde continuera à bénéficier d’arrêts longs. Ne laissez pas vos managers croire que le nouveau plafond est une fin de non-recevoir.
2. Sous-estimer la charge des renouvellements fréquents. Plus de prolongations signifie plus de traitements paie. Sans process adapté, c’est un risque réel d’erreur sur la subrogation ou le maintien de salaire. Prenez vos repères sur ce point dès juillet.
3. Attendre les décrets pour agir. L’essentiel de la réforme est déjà connu. Les équipes qui anticipent, même partiellement, vivent mieux les rentrées réglementaires. Les décrets d’application préciseront les modalités exactes des dérogations, mais la structure est en place.

Comment préparer votre organisation en trois étapes

Mai-juin : faites l’état des lieux

Identifiez les salariés en arrêt long dont le renouvellement sera prescrit après le 1er septembre : ce renouvellement sera soumis à la nouvelle règle des deux mois maximum. Vérifiez vos accords collectifs, conventions applicables et couvertures prévoyance. Auditez votre procédure de réception des avis d’arrêt et de transmission de l’attestation de salaire. C’est aussi le bon moment pour revoir la réglementation des bagages en avion si votre entreprise gère des déplacements professionnels, mais ce n’est pas le sujet ici.

Juillet-août : préparez votre organisation

Adaptez votre suivi des absences pour gérer des renouvellements plus fréquents. Briefez vos managers sur les bons réflexes face aux absences longues : ne pas contacter le salarié pour des motifs médicaux, mais rester en lien pour organiser la reprise. Préparez votre communication interne avant la rentrée, de façon sereine et factuelle. Un simple mail ou une note de service peut suffire : « À partir du 1er septembre, les arrêts maladie sont limités à un mois, puis deux mois pour les prolongations. Les exceptions médicales restent possibles. Votre droit à l’arrêt n’est pas changé. »

À partir du 1er septembre : prenez vos marques

Activez votre nouvelle organisation pour chaque arrêt entrant : date de début, durée, échéance de renouvellement. Anticipez les visites de pré-reprise pour les arrêts longs dès que possible. Suivez la publication des décrets AT/MP, qui interviendront en 2027 pour les accidents du travail et maladies professionnelles. Pour ces derniers, un encadrement est prévu, mais uniquement pour les accidents survenant à compter de 2027.

Une réforme qui responsabilise sans pénaliser

La LFSS 2026 ne réduit pas le droit à l’arrêt maladie. Elle impose un cadre plus strict aux prescriptions, avec des durées maximales et des motifs obligatoires, pour freiner la hausse des dépenses. Pour l’employeur, c’est une contrainte administrative supplémentaire, mais aussi une opportunité : des visites médicales plus fréquentes permettent d’activer plus tôt les dispositifs de retour à l’emploi. Le piège serait de laisser la technique paie prendre du retard sur les renouvellements, ou de créer une inquiétude inutile chez les salariés. Avec une communication claire et un process paie rodé, cette réforme se vit sans heurt. Les décrets d’application préciseront les conditions de dérogation, mais l’essentiel est déjà sur la table : préparez-vous dès maintenant, et vous aborderez septembre 2026 avec des procédures calées et des équipes informées.